波多黎格有9个港口，甘中圣胡安港最大，总是加勒比地区最繁忙、西半球第四大最繁忙的港口，商贸活动量和货物运输量在全美排名第10。集装箱货运量全球排名第16位，游轮停靠数量排名仅次于迈阿密。

 圣胡安(san juan)、 阿瓜迪亚(aguadilla)、 阿雷西沃(arecibo)、 法哈多(fajardo)、 瓜尼卡(guanica)、 瓜亚马(guayama)、 瓜亚尼亚(guayanilla)、 乔布斯(jobos)、 马亚圭斯(mayaguez)、 蓬塞(ponce)、 是波多黎格主要港口。